Parafia św. Mikołaja należy do najstarszych wspólnot para­fial­nych na terenie ziemi bocheńskiej. Jej początki sięgają aż XIII w. Bocheńską parafię fundowała księżna Grzymisława przed 1253 r. W 1663 r. bp Mikołaj Oborski wyniósł bocheńskie probostwo do godności prepozytury.

Dlaczego za opiekuna kościoła w Bochni wybrano św. Mi­ko­łaja?

Ks. Bolesław Kumor w artykule „Powstanie i rozwój sieci pa­ra­fial­nej w Małopolsce Południowej do końca XVI w.” twierdzi, iż patrocinium św. Mikołaja zostało spopula­ry­zo­wa­ne przede wszy­st­kim przez włoskich kupców, których w Bochni nie brakowało, bo przecież miasto znajdowało się przy ważnym w wiekach średnich trakcie handlowym. Pierwszy kościółek drew­nia­ny, o którym wia­do­mo, wzniesiono w połowie XIII w. z polecenia księżnej Grzy­mi­sławy, matki Bolesława Wstydliwego. Miał on słu­żyć górnikom.

Natomiast kościół murowany na miejscu drew­nia­ne­go ufundowała żona księcia krakowskiego, św. Kinga, w 1253 r. Prawdopodobnie było to związane z nadaniem Bochni praw miejskich.

Tak początki naszej parafii i kościoła opisuje
w swojej książce „Parafie Ziemi Bocheńskiej”
Łucja Piątkowska